Kapela oz. cerkev sv. Jakoba se v doslej znanih in ohranjenih zgodovinskih virih prvič omenja leta 1423. Češčenje sv. Jakoba starejšega sega daleč nazaj v visoki srednji vek – že v 12. in 13. stoletju je bilo na slovenskih tleh svetniku posvečenih veliko cerkva. Leta 1493 je deželni knez in mestni gospod, cesar Friderik III., ugodil prošnji kamniških meščanov in dovolil ustanovitev in zidavo samostana frančiškanov observantov pri cerkvi sv. Jakoba v Kamniku.
Kakšna je bila celostna podoba prvotne cerkve, lahko samo ugibamo, ker Valvasorjeva veduta Kamnika razkriva le strmo in visoko streho cerkvene ladje.
Takoj po naselitvi so začeli redovniki ob cerkvi graditi samostansko poslopje.
Glavni oltar: Sveti Jakob
V tistem času so meščani Kamnika v strahu pred napadom in ropanjem Turkov iz gotske cerkve sv. Primoža in Felicijana nad Kamnikom v mesto prenesli relikvije obeh svetnikov.
Ob koncu 15. in na začetku 16. stoletja so bili podporniki samostana grofje Turnski, ki so bivali na Starem gradu. Zato so člani družine v prezbiteriju samostanske cerkve tudi našli zadnje počivališče.
V času reformacije je samostan doživljal hude čase. Luteranski meščani in mestni svet mu niso bili več naklonjeni, pa tudi kmečka okolica ni podpirala redovnikov, ki niso znali slovensko. Zato je cesar z listino z dne 16. novembra 1538 samostan razpustil, vanj pa se je zaradi večje varnosti preselila s Šutne fara s šolo in špitalom. Šele leta 1627 je cesar z odločbo samostan spet oživil, vendar ne v sklopu avstrijske, ampak bosansko-hrvaške province.
Ob ponovni naselitvi redovnikov sta bila cerkev in samostan v zelo slabem stanju in zato potrebna večjih popravil. Cerkev so tedaj oskrbeli tudi z novimi oltarji, ki jih je bilo, kot to priča Valvasor, šest.
13. aprila 1695 so začeli po naročilu ljubljanskega mecena Jakoba Schella pl. Schellenburga zidati novo frančiškansko cerkev in ob njej tudi samostan. V novi stavbi je ostal le kakšen del stare cerkve, vidnih ostankov ni. Na starem mestu je ostal le zvonik. Zaradi boljše dostopnosti so spremenili orientiranost cerkve, tako da so prestavili prezbiterij na zahodno stran, vhodno fasado pa obrnili proti trgu, s katerega so do cerkve izpeljali kratko ulico.
Nova cerkev je bila zidana v slogu italijanskega baroka. Dvonadstropna samostanska stavba je zrasla pravokotno na cerkveno ladjo in s svojo višino presegla vse tedanje meščanske hiše. Zidava je bila zaključena že leta 1703, cerkev pa je bila posvečena šele leta 1730.
Z oltarno opremo so frančiškani posegli ne samo v lepoto svoje cerkve, ampak tudi v sam baročni utrip mesta, njegove soseščine in v redovne cerkve drugod po Slovenskem in na Hrvaškem. V samostanu je namreč v dvajsetih in tridesetih letih 18. stoletja delovala redovna podobarska delavnica.
Za cerkev in samostan so delali številni znani baročni slikarji, med katerimi pripada pomembno mesto Valentinu Metzingerju, ki je naslikal veliko oltarnih in drugih slik. Ob njem pa je potrebno omeniti še slikarja Antona Cebeja. Ob poznejših poslikavah cerkve so bile slike odstranjene. Zdaj so shranjene v galeriji samostanskega hodnika.