Srednjeveški Kamnik se je po stoletjih anonimnosti pojavil v vsej svoji veličini in živel pod okriljem Starega in Malega gradu. V srednjem veku je bilo mesto cvetoče obrtniško središče s kovnico denarja in dom številnih znanih dinastičnih rodbin. Kamnik se v pisnih virih prvič omenja v sredini 12. stoletja, v času, ko je bil center obširnih kranjskih posesti znane bavarske plemiške rodbine, grofov Andeških. Le-ti so svojo pomembnost izkazovali tudi s kovnico denarja, ki je na Malem gradu po letu 1220 kovala novce z napisom »Civitas Stein«. Meščani se v pisnih virih prvič omenjajo leta 1229, mesto pa je mestne pravice dobilo že prej.
Prva cerkev sv. Jakoba naj bi bila po Valvasorju zgrajena še pred prihodom frančiškanov v Kamnik okoli leta 1474, samostan pa takoj po letu 1493.
V Kamnik so manjši bratje observanti, pripadniki reformirane veje Frančiškovih manjših bratov, ki so si prizadevali za strožje izpolnjevanje Frančiškovega vodila in so kasneje pri nas dobili ime frančiškani, prišli na prošnjo meščanov, ker v mestu ni bilo bogoslužja. Samostan v Kamniku (Lithopolis, Stein) je bil ustanovljen leta 1490, zidava pa se je začela v drugi polovici leta 1493, v času najhujših turških vpadov. Samostan je bil deloma zgrajen že leta 1495, o čemer priča tudi letnica na samostanu. Redovniki, ki so ga naselili, so s seboj zagotovo prinesli tudi nekaj knjig.
V 16. stoletju je širjenje protestantizma močno prizadelo uboštvene redove, ker so ostali brez stalnih dohodkov in postali odvisni od miloščine vernikov. Najprej je krizo občutil kamniški samostan in na provincialnem kapitlju leta 1536 so sklenili, da ga opustijo. Ko je dve leti kasneje na to pristal tudi cesar Ferdinand, so observanti zapustili samostan (leta 1538).
Leta 1623 je ljubljanski škof Tomaž Hren povabil observante iz bosensko-hrvaške province, da pridejo v Kamnik. Ponudbo so sicer sprejeli, vendar so prosili za odlog selitve za dve leti. Zaradi tega obotavljanja je predstojnik avstrijske minoritske province zaprosil cesarja Ferdinanda, da bi samostan predali konventualcem, zagovornikom monastičnega načina življenja Frančiškovih manjših bratov. Nato so se z enako prošnjo na cesarja obrnili še observanti. Zaplet je trajal do leta 1627, ko je cesar odločil, da samostan dobijo observanti iz bosensko-hrvaške province. Frančiškani – redovniki iz bosansko-hrvaške province – so znova prišli v Kamnik leta 1627.
Prav tako kot samostan so leta 1695 na novo začeli zgraditi tudi cerkev. Stilno cerkev uvrščamo v obdobje baroka. Baročno cerkveno dvorano pravokotnega tlorisa pokriva banjasti obok. Na severni in južni strani prostor obstopajo kapelice z oltarji. Prezbiterij je nekoliko ožji in prekrit s plitko kupolo. Pri cerkveni opremi sta sodelovala znamenita baročna slikarja: Valentin Metzinger in Anton Cebej. V drugi polovici 19. stoletja je poleg drugih pri opremi sodeloval tudi znameniti kamniški slikar Matija Koželj.
V samostanu je delovala tudi suknarna, ki je izdelovala habite (redovne obleke) za celotno provinco. Odleta 1778 dalje so imeli v samostanu tudi deško šolo. Prav poučevanje frančiškanov na glavni šoli je v času, ko je Jožef II. razpuščal samostane, ohranilo frančiškanski samostan v Kamniku. Kamničani so za ohranitev samostana prosili tudi za to, ker je po požaru leta 1788 na Šutni pogorel del župnijske cerkve. Leta 1804 je v severnem delu predmestja Kamnika izbruhnil požar, ki je dosegel tudi samostan. V njem so pogoreli prostori, kjer je bila šola, zato so jo morali prestaviti. Do leta 1882 so imeli šolo v suknarni, potem pa je bila prestavljena v zgradbo na Glavnem trgu. Frančiškansko gimnazijo so razpustili po prvi svetovni vojni.
V tridesetih letih 20. stoletja so se frančiškani odločili za novo poslikavo cerkve. Zaupana je bila Stanetu Cudermanu, ki je začel z delom leta 1937 in ga končal leta 1939. Poslikal je strop cerkvene ladje (štirje evangelisti), sveti Ciril in Metod, sveti Mohor in Fortunat), strop prezbiterija (Jakobove sanje) ter stenske poslikave z motivi iz Jezusovega življenja.
Med drugo svetovno vojno so frančiškani morali zapustiti Kamnik. Samostan so zasedli Nemci in ga spremenili v skladišče. Knjižnica je v tistem času utrpela hude izgube. Po odhodu frančiškanov so Nemci precej knjig zmetali skozi okno na vrt. Nekaj so jih raznesli ljudje, večino pa je Kamničan Janko Stele spravil v prostore samostana, katerega varuh je bil. Po koncu druge svetovne vojne so se leta 1945 frančiškani vrnili v Kamnik, samostan pa je v celoti zasedla »ljudska oblast«. Frančiškani so dobili le nekaj sob zase in za knjige, v samostan pa je takratna oblast naselila družine.
Leta 1991 so se izselile zadnje družine in samostan je bil ponovno v celoti vrnjen frančiškanom. Sledila je zahtevna obnova, ki se je zaključila leta 1992. Leta 1993 je bila knjižnica obnovljena in postavljena kot muzejska knjižnica, imenovana po patru Donatu Valvasorju – njegovo krstno ime je Janez Ludvik Valvasor, rojen 1683 na Bogenšperku, umrl 1752 v Kamniku (sin Janeza Vajkarda Valvasorja, rojen 1641 v Ljubljani, umrl 1693 v Krškem).
Blagoslov samostanskih prostorov na tretji sveti večer, pred praznikom Svetih treh kraljev, 5. januarja 2023.
Pater Franci in predstojnik samostana pater Ciril blagoslavljata samostanske prostore na tretji sveti večer, pred praznikom Svetih treh kraljev, 5. januarja 2023: 20 + G + M + B + 23.
Zbrani v samostanski obednici ob jaslicah na drugi sveti večer, 31. decembra 2022: g. France Urbanija – duhovni pomočnik v župniji, g. Luka Demšar – župnik v Kamniku in dekan kamniške dekanije; naprej desno pa samostanska ekipa: p. Franci Seničar, ga. Pavla Markuš, p. Ciril A. Božič, ga. Marija Anžič.
IZ NE ŠE TAKO DAVNE PRETEKLOSTI
V adventu 2020 so frančiškansko samostansko družino sestavljali štirje patri: p. Ciril A. Božič, p. Franci Seničar, p. Pashal Gorjup (+ 6. 7. 2021) in p. Lavrencij Anžel (+ 8. 2. 2021).
Ob obisku novinarja lokalnega časopisa Kamničan/ka, g. Aleša Senožetnika, je nastal pogovor, ki je bil objavljen v časopisu na šesti strani, 4. decembra 2020.
