Prve knjige so frančiškani s seboj prinesli že 1492, bolj sistematično pa so se začeli z zbiranjem knjig ukvarjati po letu 1627. Knjižnica hrani okoli deset tisoč zvezkov. Njen muzejski del, ki se končuje z letom 1799, je urejen po katalogu iz leta 1760. Knjižnico je strokovno uredil prof. Jaro Dolar, upokojeni ravnatelj NUK-a. Kulturno-zgodovinsko najdragocenejši del fonda predstavljajo inkunabule – prvotiski (knjige, tiskane v prvih 50 letih po iznajdbi tiska, od 1445 do velike noči 1501). Knjižnica hrani Dalmatinov prevod Pentatevha – Peteroknižja (pet Mojzesovih knjig) iz leta 1578. Ta je bil nekakšen poizkus za prevod celotne Biblije, ki jo je Jurij Dalmatin izdal leta 1584 v Wittenbergu. Posebnost Biblije, ki jo hrani tukajšnja knjižnica je, da ima tudi Dalmatinov predgovor, ki so ga morali v času reformacije v večini primerov odstraniti, saj bi v nasprotnem primeru knjige ne smeli brati. Tu je shranjen tudi del zapuščine jezikoslovca frančiškana p. Stanislava Škrabca. Knjižnica ne vsebuje samo del z versko vsebino, marveč tudi knjige s področja domoznastva, zgodovine, medicine, alkimije, geografije, filozofije, prava…, področij, ki so zanimala v Kamniku živeče frančiškane. Knjige so razporejene v 14 področij.
